有時候機組的散熱器會產生故障，腐蝕可以說是散熱器產生故障的最主要原因，因為在使用過程中，水中的空氣會加速腐蝕進程。因此要經常保持管子接頭不要泄漏，并從散熱器的頂部定期加水排放空氣，以保持系統內“無氣”。
散熱器不應該處于部份注放水的狀況，因為這樣更會加速腐蝕。對于不工作的發電機組，要把水全部抽掉或全部灌滿。如果可能的話，用蒸餾水或自然軟水，并要加入適量的防銹劑。
發電機散熱器的冷卻液通常是很熱的并且有壓力。不可以在未冷卻時整理散熱器或拆除管子，不要在風扇運轉時對散熱器工作或打開風扇保護罩子。
外部清潔：在塵多或污積的環境，散熱器的縫可能會被碎屑，昆蟲等物堵塞，而這將影響散熱器的效率。對這些輕沉積物經常性的清理可以用低壓熱水加上清潔劑噴洗，把蒸氣或水從散熱器前面向風扇噴射。如從反方向噴射只會把污物逼近中心。當使用此方法時，要用布遮擋柴油發電機組。
頑固的沉積物，又不能以上述方式清除，則可以把散熱器拆下浸在熱的堿水約20分鐘，然后用熱水沖洗。如果因為接頭漏水，而選擇用硬水灌法用了一段時間，或者因為發電機運行了一段時間又無用除銹劑，系統可能會因被水垢堵塞。
